Satuan Pengawasan Internal mempunyai wewenang sebagai berikut:
- Mewakili Rektor dalam melakukan pemeriksaan, pengawasan, dan pengendalian internal.
- Menentukan prosedur dan ruang lingkup pemeriksaan, analisa, pengawasan, pengujian, dan penilaian terhadap manajemen unit kerja.
- Memperoleh akses tidak terbatas atas seluruh data, informasi, dan objek-objek pemeriksaan termasuk dokumen, sumber daya manusia, dan fisik unit kerja di institut.
- Memperoleh verifikasi, uji validitas, dan reabilitas terhadap data dan informasi yang diperoleh.
- Atas persetujuan rektor, bermitra dan berkoordinasi dengan dewan pengawas serta senat institut dalam membahas temuan hasil pemeriksaan dan pengawasan atas kinerja institut.
- Melakukan pendampingan dan koordinasi dengan aparat pengawas internal pemerintah dan pemeriksa eksternal.